17 yaşındaki yetenekli suikastçı Codename 13, Japonya’daki başarısız bir görev sonrası uzaklaştırılmıştır. Bu süreçte, annesinin bir suç örgütü tarafından kaçırıldığı 11 yaşındaki Monji ile tanışarak içsel bir değişim yaşamaya başlar. Monji’nin yakalanması üzerine, 13, çocuğu kurtarmak için her şeyi göze alır. Kendi akıl hocasına ve onu işe alan karanlık örgüt Gölge’ye karşı mücadele ederken, bu yolculuk ona gerçek vicdanının ne olduğunu öğretir.