“Spy Kids: Armageddon,” beklenmedik bir felakete karşı koymak zorunda kalan gençlerin öyküsünü anlatıyor. Dünyanın en maharetli gizli ajanlarının çocukları, bir oyun geliştirici dehasının bilinçsizce tüm bilgisayar ağına hükmetmesine yol açan bir virüsün yayılmasına yardım ederler. Önlerinde büyük bir tehlike bulunduğunu fark eden bu gençler, ebeveynlerini ve dünyayı korumak adına kendi yeteneklerini casuslukla birleştirmek zorunda kalırlar.