Godzilla’nın, Mothra ve Rodan gibi canavarlarla savaşı ve ezeli düşmanı olan üç başlı King Ghidorah ile olan mücadelesi, insanlığın varoluş dengesini sarsmaktadır. Devasa boyutlardaki bu güçlü yaratıklar arasında tehlikeli Godzilla, Mothra, Rodan ve Kral Ghidorah gibi antik süper türlerin savaşında yer alır. Efsanevi olarak kabul edilen bu antik yaratıklar tekrar ortaya çıkıp birbirleriyle çatıştıklarında, hepsi üstünlük için amansız bir mücadeleye girişirler. Bu çatışma sırasında insanlığın varoluş dengesi de büyük bir belirsizlik içine sürüklenir. Hangi tarafın kazanacağı, sadece insanlığın kaderini değil, aynı zamanda gezegen üzerinde egemen türün kim olacağını da belirleyecektir. Bu savaş, insanlığın geleceğini ve gezegenin hakim türünü belirleyecek kritik bir dönemeç haline gelir.