Godzilla ve Kong: Yeni İmparatorluk’ta hem kendi varlıklarını hem de insanlığın geleceğini tehlikeye atan büyük bir tehditle yüzleşmelerini ve bu tehdide karşı birlikte mücadele etmelerini anlatıyor. Güçlü Kong ve dehşet verici Godzilla, bilinmeyen bir tehlikeyle karşı karşıyadır. Dünyada gizlenmiş olan ve her iki türün de hayatta kalmasını tehdit eden ölümcül bir tehlike ortaya çıkar. Kong ve Godzilla, bu kritik anda güçlerini birleştirerek kendilerini zorlu bir mücadelenin içinde bulurlar.