Ethan Hunt, kendisini insanlığın kaderini belirleyebilecek bir tehdit ile karşı karşıya bulur: Entity. Her adımı önceden öngörebilen bu yapay zekâ, yanlış ellere geçtiğinde tüm dünyayı tehdit edecek güce sahiptir. Ölümcül bir tren kazasından kurtulan Ethan, sistemin izini eski bir Rus denizaltısında sürer. Fakat geçmişinden gelen gölgeler, özellikle de acımasız düşmanı Gabriel (Esai Morales), yolunu kesmek üzeredir.