İnsanların dünyası ile fantastik yaratıklarla dolu bir dünya arasında sıkışıp kalan Hellboy’un hangi tarafa ait olduğunu bulmak için çabalarken, bir yandan da antik çağlardan gelen bir büyücünün intikam almak için insanlığa açtığı savaşı durdurma çabasını temel alıyor.