Sonic, Green Hillse yerleştikten sonra gerçek bir kahraman olmak için gereken özelliklere sahip olduğunu kanıtlamak için sabırsızlanır. Dr Robotnik bu kez yeni ortağı Knuckles ile birlikte medeniyetleri yok etme gücüne sahip olan bir zümrüdün arayışıyla geri döndüğünde sınavı başlar. Sonic yardımcısı Tailsle ekip olur ve birlikte zümrüdü yanlış ellere düşmeden bulmak üzere dünya çapında bir yolculuğa çıkarlar.