New York şehrinin eski parlak günleri geride kalmıştır. Zira, Shredder ve başında olduğu Foot Clan örgütü, emniyetten siyasete kadar her türlü resmi birimi ele geçirip, şehri istedikleri gibi yönetmeye kararlıdır. Usta Splinter’ın uzun yıllardır yeryüzüne hiç çıkartmadığı dört ninja kaplumbağa Leonardo, Raphael, Michelangelo ve Donatello artık Shredder ile savaşmak için sabırsızlanmaktadırlar. Şiddetlenen suç olaylarına ve dahası masum insanların öldürülmesine göz yumamayan dört genç savaşçı, kimliklerini açık etmek pahasına yer yüzüne çıkarlar. Kanal 6′ nın haber peşindeki gözü pek muhabiri April O’Neil ise hayatının fırsatını yakaladığına inanırken, aslında geçmişine dair gerçeklerle yüzleşecektir.