Kaplumbağalar Bebop ve Rocksteady’yi, Brezilya’nın Manaus, Brezilya’daki yağmur ormanlarındaki son parçasını ve Rocksteady ile Bebop’un jetini havada tutarak kurtardılar. Elde edilen savaşta, jet, Rocksteady’nin kargo ambarında tank tipi bir makineli tüfek ateşledikten ve bir nehre düştükten sonra kritik derecede zarar görmüştür. Kaplumbağalar, parçanın kontrolü için nehirde Bebop ile savaşırken, Rocksteady tankta ortaya çıkar ve Bebop’un parça ile kaçmasına yardım eder. Kaplumbağalar, Shredder ve Stockman’ın cihazı tamamlaması ve Krang’ın modüler savaş makinesinin Technodrome’un ortaya çıkmaya başladığı boyutuna bir portal açması olarak NY’ye geri döndüler. Shredder Stockman’ı ihanet etti ve adamları onu Tokyo’daki merkezlerine götürdü. Technodrome’a girerken, Krang aynı şekilde Shredder’a ihanet eder, onu dondurur ve diğer mağlup edilen düşmanların toplanmasıyla onu kilitler.