Elisa, Soğuk Savaş döneminin gölgesinde yalnız yaşayan bir genç kızdır. Sessiz ve düzenli bir yaşam sürerken, Amerika’da gizli ve son derece korunan bir devlet laboratuvarında temizlik görevlisi olarak çalışmaktadır. Ancak bir gün, Elisa’nın hayatı, mesai arkadaşı Zelda ile birlikte devletin gizli bir deneyini keşfetmesiyle altüst olur. Deneyde, suyun içinde hapsedilmiş insansı bir varlığın acımasız deneylerde kullanıldığını fark eden Elisa, bu varlıkla iletişim kurmaya başlar. Aynı dili konuşmamalarına, benzer yaşamlara sahip olmamalarına ve hatta aynı genetik yapıya sahip olmamalarına rağmen, bu ikili arasında anlamını tarif etmekte zorlanılan bir bağ oluşur. Bu bağ, birbirlerinin hayatlarını sonsuza dek değiştirecek bir güce sahiptir.