Hayvanat bahçesinin en gözde sakinleri olan Alex, Marty, Gloria ve Melman, yıllardır düzenli ve keyifli bir hayat sürmektedir. Ancak merakına yenilen Marty’nin kaçışı, tüm düzenlerini altüst eder. Onu geri getirmek için yola çıkan arkadaşları, bir anda kendilerini Madagaskar’ın vahşi doğasında bulur. Şehirdeki rahat hayatlarını geride bırakmak zorunda kalan bu dörtlü, yepyeni bir dünyayla tanışırken dostluklarını da en büyük güçleri olarak kullanır.