Mortal Kombatda para karşılığı dövüşmeye alışkın MMA dövüşçüsü Cole Young mirasından ve Outworldün İmparatoru Shan Tsungun en iyi savaşçısıdır. Outworldde yaşayan buz ustası Sub-Zeronun onu avlaması için neden gönderdiğinden habersizdir. Ailesinin güvenliğinden endişe duyan Cole kendisiyle aynı olan ilginç ejderha doğum lekesine sahip Özel Kuvvetlerde Binbaşı Jaxın yönündeki Sonyayı aramaya çıkar. Yakında kendini Yüce Tanrı ve Dünya Diyarının koruyucusu doğum lekesini taşıyanlara sığınak veren Lord Raiden tapınağında bulur. Burada tecrübeli dövüşçüler Liu Kang Kung Lao ve hilekar paralı asker Kano tarafından yetiştirilen Cole bir yandan da Dünya Diyarının en büyük şampiyonlarının Dış Dünyanın en büyük şampiyonlarına karşı savaşacağı ölümcül dövüşe hazırlanır.