“Ninja Kaplumbağalar: Mutant Kargaşası”, insan dünyasını korumaya adanmış olan Kaplumbağa Kardeşlerin macerasını anlatan bir hikayeyi içeriyor. Bu benzersiz kahramanlar, yıllarca insanların dünyasını güvende tutmak için mücadele ettiler. Şimdi, sıradan gençler olarak kabul edilmeyi ve New York sakinlerinin kalplerini kazanmayı hedefliyorlar. Bu amaca ulaşmak için Kaplumbağa Kardeşler, yeni dostları April O’Neil ile birlikte hareket etmektedirler. Gizemli bir suç örgütüne karşı verdikleri mücadelede zafer kazanmış olsalar da, ansızın beklenmedik bir tehditle karşı karşıya kalırlar. Kaplumbağa Kardeşler, mutant birlikleriyle mücadele etmek için zorlu bir savaşa girişirler, onları etkisiz hale getirmek için kararlıdırlar.