Snake Eyes, hayatını kurtardığı Japon klanının içine kabul edilen yetenekli bir dövüşçüdür. Arashikage tarafından eğitilen bu gizemli savaşçı, bir yandan ninja olmanın inceliklerini öğrenirken bir yandan da özlemini duyduğu bir aileye kavuşur. Ancak geçmişinden gelen sırlar, onun sadakatini ve onurunu ciddi bir sınava tabi tutacaktır.